Historiarum Indicarum Libri XVI vereinigt die gesammelten Briefe der jesuitischen Missionen aus Asien und wird in einem erzählerischen, bildhaften und perfektionistischem Stil geschrieben. Maffei lässt sich viel Zeit bei der Ausgestaltung der 16 Bücher, was sich in dem sehr detaillierten Inhaltsverzeichnis zu Beginn des Werkes wiederspiegelt.
Von Historikern wird oft scherzhaft die Verwunderung geäußert, dass Maffei die Geschichte vor seinem Tod vollenden konnte, denn so heißt es, dass er nur für die ersten Bücher 12 Jahre brauchte. Die Geschichte basiert auf Briefen jesuitischer Brüder und einigen Augenzeugenberichte einer japanischen Gesandtschaft, der Maffei aufgrund der engen Beziehung zum Papst beiwohnen konnte.
Er selbst bereiste nie die Länder, über die er dieses bedeutende Werk schrieb. Somit bleibt Maffei einer der wenigen Ausstellungsprotagonisten, der seine Reiseberichte am heimatlichen Schreibtisch verfasste. Die Reiseberichte konzentrieren sich auf die Regionen in Ostasien, doch erwähnt er auch Stationen in Südamerika und Afrika, an denen jesuitische Missionare leben.
Sein Hauptaugenmerk liegt auf dem Zusammentragen von Kulturen in China, Japan und Indien. Die Abgrenzung von Kulturen, Religionen und Gestaltungen des täglichen Lebens sind ihm besonders wichtig. Dabei geht er auch auf die unterschiedlichen Kampfkünste der neuerkundeten Kulturen ein.
Er beschreibt Charaktere von Menschen ebenso wie rituelles Leben. So zum Beispiel die für ihn befremdlich wirkende Zubereitung des Chai-Tees. In Maffeis Reisebericht wird die Teepflanze, die in Japan und China beheimatet ist, erstmals genauer unter die Lupe genommen. Ende des 16. Jahrhunderts wird diese dann bereist von jesuitischen Missionaren nach Europa importiert.
Die Herstellung, bei der die getrockneten Blätter mit kochendem Wasser übergossen werden, erscheint zu Beginn doch sehr sonderbar, denn das daraus entstehenden dunkle Getränk riecht sehr herb und bitter. Ungeahnt, welche Bedeutung der Tee heutzutage hat, wurde das Getränk damals von Maffei leicht belächelt.
